身为女明星的莎朗·温亚德（组织代号：贝尔摩得/Vermou th）和工藤有希子一起向魔术师黑羽盗一（即怪盗基德的父亲，第一任怪盗）学习易容术，两人因此相识，并成为好朋友。黑羽盗一因作怪盗基德时企图寻命运之石潘多拉（可使人长生不老）被同样在寻这个宝石的某黑衣组织射杀，生死未卜。黑羽快斗继承了怪盗基德的身份（在《魔术快斗》中有介绍，但是否与《名侦探柯南》中的黑衣组织相同目前未知），成了第二任怪盗基德。
宫野厚司与宫野·爱莲娜（Irene）结婚，进入黑衣组织，参与进行
AP TX4869的研究。后生下宫野明美与宫野志保（灰原哀、雪莉/sherry）。在一次实验中出了意外，疑似被杀（哀语）。志保到美国留学，之后回到日本继续APT X4869的研究。
真实身份为黑衣组织杀手的莎朗杀害了一直在调查组织的F BI探员（即朱蒂的父亲），并放火烧了朱蒂的家以毁尸灭迹，只有年幼的朱蒂幸免遇难，并被她父亲的同事以“证人保护计划”保护起来。（莎朗对小朱蒂说的"A secret makesa womanwoman”（女人因秘密而美丽）令她印象深刻）。
新一和兰到纽约游玩，有希子招待他们看百老汇的歌剧“金苹果”，在剧院门口两人遇见并认识了莎朗，但是在歌剧开演前莎朗借口有事先行离开。歌剧中发生谋杀案，新一协助破案后，有希子留下录口供，让两人先乘出租车回酒店。路上两人为莎朗给兰的手帕而下车，兰先是遇见了正在追捕银发杀人魔的赤井秀一，后又在废仓库遇见正在逃亡中的受伤的银发杀人魔。银发杀人魔在想将两人灭口时因栏杆断裂而从高
处掉落，被兰和新一所救，事后银发杀人魔被发现自杀，但是可疑的是现场所有的痕迹都被抹去。（286 工藤新一纽约事件银发杀人魔为贝尔摩德假扮毛利兰初见赤井秀一）
莎朗假造了自己的死亡，并以自己的女儿克里丝的身份继续生活下去。
龙舌兰到了板仓卓，命令他开发一种系统软件。
遭到了板仓卓的拒绝。黑衣组织拼命骚扰板仓卓，最后迫使他就范。
新一跟踪伏特加（Vodka），被琴酒（Gin）发现，强行灌药而变成了柯南。
漫画中的新干线爆破事件中柯南得知了琴酒和伏特加的代号。
漫画中的奇怪的寻亲杀人事件中宫野明美被琴酒杀害，但动画版改成了被警察逮捕。
电玩公司杀人事件柯南偶遇黑暗组织的成员龙舌兰，但是他被炸死。
黑暗组织10亿抢劫事件哀的宫野明美被琴酒杀害。
来自黑暗组织的女子大学教授杀人事件哀也变小并逃离组织寄住阿笠博士家。
与黑暗组织的再会柯南和灰原在放学回家的路上，发现了琴酒的保时捷车，于是对其进行跟踪，却被琴酒发现了车上装的跟踪器。但是柯南依然打听到了黑暗组织准备在杯户饭店由组织代号为“
匹斯可”（Pisco）的成员进行暗杀活动。柯南和灰原赶到杯户饭店，琴酒却早已将雪莉在跟踪自己的事通知了匹斯可，并告诉他雪莉必然也会去杯户饭店。匹斯可在暗杀得手后偶见到灰原，认出了她是雪莉，于是用麻药迷昏后藏在饭店的酒窖里。柯南在和灰原取得联系后，让她试着喝下白干。于是灰原也变回了成人体形，并因此得以从烟囱逃至饭店顶楼。不料琴酒和伏特加早已在顶楼。在琴酒的拷问下灰原拒不说出离开组织后的行动，身中数。这时柯南赶到，用击中了琴酒，同时灰原再次由烟囱逃回酒窖，此时白干效力已过，灰原身体变回。既而匹斯可终于露出他的真实面目，在他准备处决灰原时，柯南再次赶到上演英雄救美，而匹斯可则因为暗杀过程中出现了不可挽回的失误被琴酒灭口。（当时贝尔摩德也在现场，事后影并在日本定居下来。由于哀感觉当时有其他组织的成员在场，事后柯南开始怀疑她也是组织的一员）。
黑暗中的死角新出智明的父亲被其继母杀害，在柯南的协助下破案。（新出正式登场）
贝尔摩德制造车祸企图害死新出智明一家，并开始假冒新出智明的身份。另一方面，长大的朱蒂加入了FBI，追查贝尔摩德来到了日本，在察觉了贝尔摩德的企图后暗中救下新出智明，并且自己以帝丹高中英语老师的身份潜伏下来，以便于监视。
危命的复活柯南变回新一并化妆成黑衣骑士与兰见面，被化身成新出的贝尔摩德以及朱蒂老师发现。
格斗游戏的陷阱朱蒂与柯南相识，并看见他借助园子破案（这是朱蒂的首次正式登场，显然她发现了柯南不简单，并且可能已经知道了内幕）。
神秘的乘客本集刚开始时琴酒和贝尔摩德的一段戏就表明了本集和主线有关。少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的朱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员变得非常害怕，后来公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救（现在看来哀感觉到的组织成员就是贝尔摩德，而朱蒂与她在一起应该是为了监视其行踪，好在在柯南的掩护下无论是朱蒂或是贝尔摩德都没有发现到哀。同时，本集也是赤井秀一的第一次正式登场，在最后他的报告表明他正在监视什么人，应该是协助朱蒂监视贝尔摩德）。柯南等人认识了来自芝加哥的老人“詹姆士·布莱克”，后来他被误认为是某名人而遭，后在柯南的协助下被救，并被赤井接走。同时詹姆士也发现柯南的不一般。
犯罪的纪念品事件目暮提到与毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张。偷案卷的是贝尔摩德，主要目的是了解与新出相关的那个案件（可惜仍然遗漏了细节），将相关案卷都偷走就是为了误导FB I她的目标和毛利有关，在故事的最后有赤井监视毛利侦探所的画面，表明了FBI果然将注意力转向毛利。
匆忙之中的忽略柯南又一次在朱蒂面前破案（这一集有几点值得注意：一是朱蒂在谈话中暗示柯南其身份已经暴露，并且提到了F BI。二是在案件中兰回想起自己曾经见到过”带黑针织帽的男子”（赤井秀一）；最后就是在故事结尾贝尔摩德发邮件给琴酒，提到了雪莉酒，并且向打了叉的宫野志保（哀）的照片发飞镖，旁边还有柯南和兰的照片）。
西部名侦探v s英语老师案卷的丢失让柯南很不安，他基本肯定了克里丝是组织的成员，并进一步怀疑朱蒂=克里丝，刚巧赶来的服部对此很感兴趣，于是鼓动柯南去朱蒂的公寓试探，在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对朱蒂的试探未果。（这一集的重点就是在最后朱蒂的浴室的镜子后面出现的柯南和兰的照片，并且照片上的字迹和贝尔摩德的一模一样，按照后来的说法，这是朱蒂曾潜入新出（即贝尔摩德）的房间，发现相关的照片后复制的，同时朱蒂也借此知道了贝尔摩德的目标是哀。另外柯南最后说的除朱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出）。
无声的证据小五郎受托寻失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人事件中被炸死的组织成员龙舌兰接触的对象。最后通过追查案件，柯南获得了组织的线索——板仓的日记（案子的最后柯南和兰遇到了赤井秀一，提到了宫野明美）另外借此，柯南也了解到了当年兰和赤井相遇。
柯南通过板仓的日记了解到了黑暗组织的行踪，并试图冒充板仓与伏特加接头，但是被琴酒识破而失败，
险些被Gin抓到（最后柯南和哀离开时，“恰巧”被赤井看到，好像哀也对此有所感觉；板仓的日记中提到黑暗组织的庞大计划甚至影响到人类的前途，要使时光倒流）。
金钱买不到的友情阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很有名的疯狂科学家，而母亲艾莲娜是一个英国留学生，并且黑暗组织可能正在从事让死人复活的计划。
黑暗中的圈套少年侦探团遇到杀人事件，柯南协助解决。其中值得注意的是在故事的整个过程中柯南和哀都感觉到自己被人跟踪，不过跟踪者最后被迫放弃（最后赤井秀一的出场，表明跟踪他们的人是FB I，由于哀与照片中的人物相似，因此FBI猜测她就是贝尔摩德的目标。另外最后赤井对着哀的照片说了一句“真是太像了”暗示他和哀以前就曾相识，奇怪的是朱蒂和赤井好像不常联系，也不是经常互通信息）。
四辆保时捷哀得了感冒发烧，博士和柯南送他去医院，但在停车场遇到命案而被阻，后来又遇到购物中的兰、园子和朱蒂，发现他们行踪的赤井秀一也跟踪而至，最后柯南解决了案件，但是博士却借朱蒂的车将哀送回了家，并来新出医生给哀看病。故事的最后出现了贝尔摩德将哀的照片烧毁，并说“准备好了吗？我发现了，我去你了”的画面（这下哀可算是彻底暴露了，贝尔摩德和F BI双方都知道了她的住址，贝尔摩德还在博士家安了窃听器）。
厕所里隐藏的秘密博士带柯南和哀去访问哀的父亲生前的好友，设计师出岛壮平，试图了解更多关于哀
的父亲的事。当然在设计所免不了又发生命案，柯南在破案的同时，也到了由哀的设法藏在设计所的，哀的母亲留给哀的录音带。（哀的母亲在留给哀的19岁的录音中应该提到了某件惊人的事情，不过出于青山爱卖关子的癖好，我们对此仍一无所知。另外在故事的最后，贝尔摩德打电话组织成员“卡尔多瓦斯”（即苹果酒）来帮忙，正策划着某项行动）。
便利店的陷阱朱蒂辞去了帝丹高中的老师的职务（显然是也将有所行动），不过在兰和园子到朱蒂家中开聚会时，兰意外发现了镜子背后的照片，觉得十分可疑，于是后来在满月之夜双重谜案的时候偷偷钻进朱蒂老师车子的后备箱，并在最后关头救了哀。另一方面，贝尔摩德不向兰开并叫她ange l，显然她不想伤害兰，很多人认为是当时她变装银发杀人魔时新一和兰救了她的缘故。
直面黑组织的对决!满月之夜的二元神秘事件贝尔摩德策划了幽灵船活动，邀请了小五郎、新一和琴酒，试图调开柯南而刺杀哀；朱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走哀并试图将贝尔摩德引入陷阱，但是贝尔摩德已经知道了这个陷阱，并将计就计作了安排；另一方面，柯南邀请服部化妆成自己赴会，而自己在母亲有希子的帮助下化妆成哀试图和黑衣组织接触；但是哀不放心柯南去，而偷了柯南的跟踪眼镜跟踪前往；最后，兰因为想了解朱蒂的真正身份，躲在了朱蒂的汽车的后备箱里……真是错综复杂。最后贝尔摩德还是逃脱了赤井的追捕，也又一次放过了柯南，并且向琴酒隐瞒了柯南和哀的事，而朱蒂设法瞒过了兰，兰仍然一无所知。（柯南听到了贝尔摩德给b oss/那位先生/组织头目发邮件时的按键音）。名侦探柯南怪盗基德出场
一次案件结束后，山村警官给他奶奶发信息，开头按键音和boss的邮件地址很像，是鸟取县。
柯南等人去一钢琴世家，知道了那天听到的按键声就是七个孩子的曲子。
黑暗冲击！组织魔爪伸来的瞬间小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶
作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。小五郎等人虽然抓到了犯人，但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈实际是黑组织同党一事。随后，黑组织制定了于下午1点在艾迪P暗杀一个代号为DJ的人的计划。遭到FBI与柯南的阻止，水无怜奈受伤，昏迷不醒。（在这一集中，出现了两个新黑衣组织成员：狙击手基安蒂（Chiant i)、科恩（Korn））
黑暗组织的影子贝尔摩德去水无怜奈出事目击者家，得到柯南注意。小兰的新同班同学本堂瑛佑在到毛利侦探事务所做客时有意无意的把话题引向水无怜奈，并希望柯南等人前去调查，引起了柯南的警觉。
红与黑的碰撞
本堂瑛佑总给柯南不好的感觉。他四处寻自己的本堂瑛海。本堂瑛海与水无怜奈长相一摸一样，但是血型不对。与此同时，黑暗组织四处寻水无怜奈，得到FBI帮助的水无怜奈假装昏迷不醒，被本堂瑛佑袭击后不得不说出真实身份，原来水无怜奈为CIA的卧底，水无怜奈答应赤井秀一重新返回组织，但是接到的第一个任务就是杀死赤井秀一。赤井秀一疑似牺牲。
红白黄与侦探团水无怜奈向茱蒂透漏情报，组织派出了一个厉害的侦探波本（Bourbo n)。工藤新一的房子里搬来新房客，名为冲矢昴。据灰原哀反应来看此人来头不小。他到底是组织的卧底波本还是重生的赤井秀一？
侦探团VS强盗团脸上带着烧伤的伤疤、疑似赤井秀一的人出现。右眼有着明显的被火烧)
伤的伤疤。在最后此人捡起了抢劫犯的手，在柯南被抢劫犯劫持的紧张时刻，开救了柯南。（根据漫画所画，此人为右撇子。）
刺杀赤井秀一疑似赤井秀一的人再度出现，同时，在商场的朱蒂老师收到了“这里很危险，快逃”的字条（究竟是谁留下的并没明确指出，但朱蒂认为是赤井秀一留下，且伤疤男即是赤井秀一）。此时冲矢昴也在商场，首次见到了伤疤男，但伤疤男未发现他。伤疤男将在商场发生的案件的推理用别人的手机发给了毛利小五郎。琴酒以及基安蒂等人欲检验赤井秀一是否生还，并以此来证实基尔是否是卧底，却被柯南巧妙地引开。与此同时昴也在寻伤疤男，而伤疤男却在被瞄准时对着瞄准镜露出诡异的笑容。这又是怎么回事？
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