使用cBio Cancer Genomics Portal综合分析癌症基因和临床资料
使用cBio Cancer Genomics Portal综合分析癌症基因和临床资料电脑换ip
文章目录
恭喜乔迁的祝福语∙cBio Cancer Genomics Portal简介
∙cBio Cancer Genomics Portal所需设备
∙cBio Cancer Genomics Portal使用方法
∙cBio Cancer Genomics Portal结果的查看和解释
∙OncoPrint
∙Mutual Exclusivity
∙Correlation Plots
∙Mutations
∙Protein Changes
∙Survival
∙Network
∙IGV, Download, Bookmark
∙多个癌症交叉查询
∙查看癌症研究数据
∙查看单一癌症的基因组改变：患者视图
∙通过编程语言访问查询cBioPortal
cBio Cancer Genomics Portal提供了研究分析癌症基因数据的可视化工具，cBioPortal可以帮助癌症组织和细胞学研究得到的分子学数据认识和理解遗传、表观遗传、基因表达和蛋白质组学。通过自定义数据的交互界面要以主研究人员探求研究基因改变和临床之间的联系。cBioPortal提供了图形化的结果，使复杂的癌症基因组学资料更易理解和接受，而不需要特殊的生物信息学知识。
屋顶漏水怎样处理最好>空的要求
cBio Cancer Genomics Portal简介
大样本癌症基因组计划，如如癌症基因图谱(Cancer  Genome  Atlas, TCGA, v/)和国际癌症基因组联盟(The International Cancer Genome Consortium, ICGC)，得到了大量的有关癌症基因组的资料，但是这些资料对于研究人员来说，如何整合、探索和分析，是一个比较困难的事情，尤其是对于那些电脑水平欠佳的人来说，更是一件头疼的事情。cBio Cancer Genomics Portal(/)的出现就是为了减少这种难度的。
cBioPortal方便了研究人员探求多维癌症基因组数据，它要以可视化分析基因、样本和数据类型。我们可以对癌症研究中的样本的基因改变进行可视化，比较基因改变频率，或者综合分析单一样本中基因组改变。直系军阀cBioPortal还可以研究生物学途径，生存率等等。
cBioPortal整合的基因数据类型包括体细胞突变，DNA拷贝数改变，mRNA和microRNA表达，DNA甲基化，蛋白丰度以及磷蛋白丰度。迄今为止，cBioPortal包含了10已发表的肿瘤研究结果和20多个TCGA的结果。每个肿瘤样本和数据可以从网站上下载。cBioPortal把这些复杂的数据从基因水平上进行了整合和简化，每个样本可以查询特定的生物学特性，
如基因突变，纯合子缺失，基因扩增，mRNA和miRNA的增加或减少，蛋白质的增加或减少等。这让研究人员可以查询每个基因和样本的基因改变，验证一些假设。
cBioPortal的数据来源和分析选项来源于多个网站，如TCGA data portal (v/tcga/), the ICGC data portal(/), the Broad Institute's Genome Data Analysis Center (GDAC) Firehose (), the IGV, the University of California, Santa Cruz (UCSC) Cancer Genomics Browser (30), IntOGen (31), Regulome Explorer (), 以及Oncomine (Reserach Edition) 等。
cBioPortal提供的分析选项有癌症基因组数据，基因水平改变的引起的相关生物功能变化，综合分析基因组数据和临床资料，患者数据等。
cBioPortal并不直接存储这些原始数据，原始数据来源于其它网站，如TCGA, ICGC, and Gene Expression Omnibus (GEO) (bi.v/geo/)等。
cBio Cancer Genomics Portal所需设备
∙如果想使用cBioPortal，一台可以上网的电脑必不要少，当然现在最好还能，因为cBioPortal部分地区打不开。另外浏览器必须支持Javascript，这个到是不会有太大问题。
银行汽车贷款
但是注意：官方建议使用Google Chrome, Firefox 3.0以上, Safari, Internet Explorer 9.0以上版本。还在用XP？！换了吧，XP最高是Internet Explorer 8.0，
∙Adobe Flash player
注意：这个浏览器插件主要是为了可视化分析结果用的，一般浏览器都应该有，如果没有可以在此下载安装get.adobe/flashplayer/。但是这个要求好像在2013年中就取消了，也就是说没有这人插件同样可以使用cBioPortal。
∙Java Runtime Environment
注意：这个主要是为了加载Integrative Genomics Viewer (IGV)用的，可以在此下载安装www.java/getjava/.
∙Adobe PDF Reader
这人就不必说了，都有。可以使用一般的Adober Reader get.adobe/reader/， 但是我更建议使用PDFXCview，原因要以参阅升级为Windows 8.1,顺便说说我常用的那些软件。

版权声明：本站内容均来自互联网，仅供演示用，请勿用于商业和其他非法用途。如果侵犯了您的权益请与我们联系QQ:729038198，我们将在24小时内删除。