蛋白质PDB文件说明
字符集合
只是一些非控制型字符，象空格和结束符，出现在PDB文件记录中。也就是：
abcdefghijklmnopqrstuvwxyzABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ
1234567890
` - = [ ] \ ; ' , . / ~ ! @ # $ % ^ & * ( ) _ + { } | : " < > ?
空格和结束符。结束符根据系统而定，Unix用一行字符，而其他的系统可能就用一个回车来表示。
特殊字符
希腊字母就详细的拼写出来。比如：α, β, γ
原子用DOT表示。
右箭头用-->表示。
左箭头用<--表示。
上标用两个等号表示开始和结束。比如：S＝＝2+＝＝
下标用一个等号来表示开始和结束。比如：F=c=
如果等号两边至少有一边有一个空格，那么这个字符就是表示等号。比如：2 + 4 = 6
逗号，冒号和括号用来表示文档中的分界苻，也就是下面几种中的一种：
List
SList
Specification List
Specification
如果逗号，冒号或者括号在任何一片文档中使用不是作为分界苻的话，那么肯定有字符被漏掉了。比如下边例子中第四行的"\"：
COMPND MOL_ID: 1;
COMPND 2 MOLECULE: GLUTATHIONE SYNTHETASE;
COMPND 3 CHAIN: NULL;
COMPND 4 SYNONYM: GAMMA-L-GLUTAMYL-L-CYSTEINE\:GLYCINE LIGASE
COMPND 5 (ADP-FORMING);
COMPND 6 EC: 6.3.2.3;
COMPND 7 ENGINEERED: YES
COMPND MOL_ID: 1;
COMPND 2 MOLECULE: S-ADENOSYLMETHIONINE SYNTHETASE;
COMPND 3 CHAIN: A, B;
COMPND 4 SYNONYM: MAT, ATP\:L-METHIONINE S-ADENOSYLTRANSFERASE;
COMPND 5 EC: 2.5.1.6;
COMPND 6 ENGINEERED: YES;
COMPND 7 BIOLOGICAL_UNIT: TETRAMER;
COMPND 8 OTHER_DETAILS: TETRAGONAL MODIFICATION
数据类型-------------------------------------
该部分该部分主要用来描述试验和记录中该大分子的一些基本信息,有
以下几种记录:
HEADER,OBSLTE,TITTITLE,CAVEAT,COMPND,SOURCE,KEYWDS,EXPDTA,
AUTHOR,REVDAT,SPRSDE,JRNL和REMARK部分。以下来具体说明一下各个记录。
记录类型--------------------------------------
按照在记录中出现的频率区分:
SINGLE
一个文件中只出现一次.按字母顺序列出如下:
记录类型  说明
CRYST1  晶胞参数
END 结束
HEADER 分子类，公布日期，ID号
MASTER  版权拥有者
ORIGXn 直角－PDB坐标
SCALEn  直角部分结晶学坐标
如果这些记录在一个记录中重复出现是错误的。
SINGLE CONTINUED
在记录中概念性的只出现一次,但信息内容可能超过了可利用列的数目.因次这些记录在后来的排列中会继续.按字母顺序列出如下:
记录类型 说明
AUTHOR  结构测定者
CAVEAT  可能的错误提示
COMPND  化合物名称
EXPDTA  测定结构所用的试验方法
KEYWDS  关键词
OBSLTE  注明该id号已改为新号
SOURCE  化合物来源
SPRSDE  已撤消或更改的相关记录
TITLE  说明试验方法类型 朋友圈拜年文案
MULTIPLE
大部分记录类型多次出现,经常出现在这些组中,组中的信息理论上并没有连接,但已呈现为列表的组成部分.这种记录类型中的许多习惯连载可能不仅仅制定记录还和其他记录相联.按字母顺序列出如下:
记录类型  说明
ANISOU 温度因子
ATOM  标准基因的原子坐标
CISPEP  顺势残基
CONECT  有关记录
DBREF 其他序列库的有关记录
HELIX  螺旋
HET  非标准残基
HETSYM  非标准残基的同义字
HYDBND  氢键
LINK  残基间化学键
MODRES 对标准残基的修饰
MTRIXn  显示非晶相对称
REVDAT 修订日期及相关内容
SEQADV PDB和其它记录的出入
SEQRES  残基序列
SHEET 片层
SIGATM  标准差
SIGUIJ 温度因子
SITE  特性位点
SLTBRG  盐桥
SSBOND 二硫键
TURN  转折
TVECT 转换因子
Multiple Continued
在记录中概念性的出现多次,但信息内容可能超过了可利用列的数目.因次这些记录在后来的排列中会继续.按字母顺序列出如下:
记录类型  说明
FORMUL 非标准残基化学式 
HETATM  非标准集团原子坐标
HETNAM  非标准残基的化学名称 
Grouping
有三种记录类型用来聚合其他记录. 按字母顺序列出如下:
记录类型 说明
ENDMDL 亚基结束
MODEL 多亚基时，示亚基号
TER 链末端
MODEL/ENDMDL 记录包围着 ATOM, HETATM, SIGATM, ANISOU, SIGUIJ,和 TER 记录. TER 记录预示链的末端.
Other
其他记录类型有详细的内部结构.按字母顺序列出如下:
记录类型 说明
JRNL 发表坐标集的文献
REMARK 注解
记录的表示                           
PDB数据库中的数据都应按照一定的规定来出现，强制记录类型必须出现在所有的记录中，当强制数据没有提供,记录名必须出现在记录中并以NULL表示当此条件存在时选择项表就变成强制记录类型。以下表格是对这两种类型的具体划分和描述：
元旦主持词开场白和结束语
记录类型 
说明
变为强制的条件
HEADER 
强制
OBSLTE
可选
个别记录中强制
TITLE 
强制
CAVEAT 
可选
该记录中有错误
手机报停COMPND 
强制
SOURCE 
强制
KEYWDS 
强制
EXPDA 
强制
AUTHOR 
强制
REVDAT 
强制
SPRSDE 
可选
在被替代的记录中
JRNL 
可选
出版物描述了该试验
REMARK 1 
可选
出版物描述了该试验
REMARK 2
强制
REMARK 3
强制
REMARK N
可选
一定条件下强制,如记录在备注描述
DBREF 
可选
每个缩氨酸链的长度大于十个残基并且核酸记录存在于核算蛋白库中（NDB）
SEQADV 
可选
有序列冲突
SEQRES 
可选
ATOM记录存在
MODRES 
可选
有修饰存在
HET 
可选
有不标准的残基除了水分子
HETNAM 
可选
有不标准的残基除了水分子
HETSYN 
可选
FORMUL 
可选
有不标准的残基或水
HELIX
可选
SHEET 
英语六级分数分配
可选
TURN
可选
SSBOND 
可选
有二硫键存在
LINK 
可选
HYDBND
可选
SLTBRG 
可选
CISPEP 
可选
SITE 
可选
CRYST1 
强制
ORIGX1 ORIGX2 ORIGX3 
强制
SCALE1 SCALE2 SCALE3 
强制
MTRIX1 MTRIX2 MTRIX3 
可选
完全不对称单元
非晶相对称
TVECT 
可选
MODEL
可选
记录中多于一个MODEL
ATOM 
可选
有标准的残基存在
SIGATM 
可选
ANISOU 
可选
SIGUIJ 
可选
TER
可选
有ATOM记录存在
ENDMDL
可选
有MODEL存在
CONNECT
可选
不标准的团存在
MASTER
强制
END 
强制
记录部分的划分
Title
大概描述 
HEADER, OBSLTE, TITLE,CAVEAT, COMPND, SOURCE,KEYWDS, EXPDTA, AUTHOR,REVDAT, SPRSDE, JRNL
Remark 
参考书目，最大分辨率,注解等
REMARKs 1, 2, 3 and others
Primary structure
一级结构 氨基酸或核苷酸序列和PDB序列和其他序列库的有关记录 
DBREF, SEQADV, SEQRES,MODRES
Heterogen 
不标准组的描述 
HET, HETNAM, HETSYN, FORMUL
Secondary structure
二级结构 
HELIX, SHEET, TURN
Connectivity annotation
化学元素连接
SSBOND, LINK, HYDBND, SLTBRG,CISPEP 
Miscellaneous feature 
大分子的特征
SITE
Crystallographic
晶体细胞描述 
CRYST1
Coordinate transformation
坐标描述 
ORIGXn, SCALEn, MTRIXn, TVECT
Coordinate 
原子坐标数据 
MODEL, ATOM, SIGATM,ANISOU, SIGUIJ, TER, HETATM, ENDMDL
Connectivity
化学键连接 
CONECT
Bookkeeping 
概要信息和结束标志
MASTER, END
对数据类型的说明                   
数据类型
描述
Achar 
一个英文字母(A-Z,a-z)
Atom 
原子名
Character 
ASCII码和空格
Continuation
如果一行描述不完用此表示序列号，占两个字符右对齐，第一个用空格
Date 
占九个字符dd-mmm-yy, DD表日期,右对齐不足左补零;MMM表月份用常用的三个英文字母表示;YY表20世纪的一年,他们都必须是有效日期
IDcode 
占四个字符，第一个是阿拉伯数字(0-9),余下的三个由希腊数字组成,字母必须是大写的。若第一个是阿拉伯数字零则对此蛋白质的描述中没有坐标数据
Integer
右对齐，不足的用空格填充的整型数据
Token 
由一组没有空格的字符组成，结尾部分紧跟着冒号和空格
List 
一个由逗号分开的字符串
Lstring 
字符串，任何空格都有意义必须保存
LString(n) 
有N个字符的Lstring
Real(n,m) 
实型
Record name 
记录的名字，由六个字符组成，左对齐，不足的用空格补充
Residue name
右对齐格式标准氨基酸或核苷酸中的一个,后有列表.不标准组分在HET中详细说明
Slist 
由一些内容组成的字符串，有分号分开
Specification
由一些token记录组成的字符串,由冒号分开
Specification list
由Specifications组成的序列，由分号分开
String
由字符组成的序列，可能有些空格，但应该详细说明
String(n) 
由N个字符组成String
SymOP
由4－6个数字组成的整数,右对齐格式.详细资料在Appendix 1
残基名字
在PDB格式中出现的标准残基的名字:
残基类型
残基名字
氨基酸
ALA, ARG, ASN, ASP, CYS, GLN, GLU, GLY, HIS, ILE, LEU, LYS
核酸 
A, C, G, T, U, I, +A, +C, +G, +T, +U, +I
其他 
UNK(unknown)
Appendix 4中有更多关于标准残基名和缩写的信息, Appendix 5中有他们的化学式和分子量.
标题部分
HEADER(分子类，公布日期、ID号)
综述
该记录包含三个方面的内容：蛋白质的种类，被该数据库接收的日期和唯一区分该蛋白质的id CODE.
记录格式
列 
数据类型
字段名称 
定义描述
1 – 6
Record name
"HEADER"
11 – 50
String(40) 
classification 
该蛋白质的分类
51 – 59
家里潮湿怎么办Date 
depDate
被数据库接收的日期
63 – 66
IDcode 
idCode 
唯一标识某个蛋白 
细节
改分类表示是左对齐的，并且由于分给字符位的限制，有时分类名太长，要用简写表示。在KEYWDS记录中存着改分类的全称。
示例
        1        2        3        4        5        6        7
1234567891234567891234567891234567890
HEADER    MUSCLE PROTEIN                          02-JUN-93  1MYS

HEADER    HYDROLASE (CARBOXYLIC ESTER)            08-APR-93  2PHI

HEADER    COMPLEX (LECTIN/TRANSFERRIN)            07-JAN-94  1LGB
OBSLTE (注明此ID号已改为新号)         
综述
该记录出现在已经被收回的蛋白质的描述中，可以作为一个标志。任何新的记录都能代替别回收的记录.这个版本允许多个新纪录代替现有记录.
记录格式
列
数据类型 
字段名称 
定义描述
1 – 6
Record name
"OBSLTE"
9 – 10
Continuation
continuation 
允许多重记录串联表示不同行的顺序号
12 – 20
Date 
repDate
被替代的日期
22 – 25
IDcode 
idCode 
该记录的id code
32 – 35
IDcode 
rIdCode 
替换的id code
37 – 40
IDcode 
rIdCode 
替换的id code
42 – 45
IDcode 
rIdCode 
替换的id code
47 - 50 
IDcode 
rIdCode 
替换的id code
52 - 55 
IDcode 
rIdCode 
替换的id code
57 – 60
IDcode 
rIdCode 
替换的id code
62 – 65
IDcode 
rIdCode 
替换的id code
67 – 70
IDcode 
rIdCode 
替换的id code
细节
只有第一个提交记录的人才有权利收回改蛋白质,所有回收的记录都有研究用途.
示例
        1        2        3        4        5        6        7
1234567891234567891234567891234567890
OBSLTE    31-JAN-94 1MBP      2MBP
TITLE(说明实验方法类型)               
综述
该记录描述试验的题目或者对它的一些分析。该记录唯一区分一个蛋白质。
记录格式
列 
数据类型 
字段名称
定义描述
1 - 6 
Record name
"TITLE "
9 - 10
Continuation 
顺序 
允许多重记录串联表示不同行的顺序号
11 - 70
String 
标题
试验题目
细节
1. 描述记录内容和区别相似记录得程序或条件,使录入者有机会着重强调做这些特殊试验得根本目的.
2. TITLE可能包括得一些项目: -实验类型
                        -对突变的描述
                        -记录中只给出α-碳原子.
示例
        1        2        3        4        5        6        7
1234567891234567891234567891234567890
TITLE    RHIZOPUSPEPSIN COMPLEXED WITH REDUCED PEPTIDE INHIBITOR
TITLE    BETA-GLUCOSYLTRANSFERASE, ALPHA CARBON COORDINATES ONLY
CAVEAT(可能的错误提示)                 
综述
警告在蛋白质记录中中出现的错误。
记录格式
w7旗舰版32系统下载
列 
数据类型
字段名称
定义描述
1 - 6 
Record name
"CAVEAT"
9 - 10 
Continuation
continuation 
允许多重记录串联表示不同行的顺序号
12 - 15
IDcode 
idCode 
蛋白质的ID code
20 - 70
String 
comment
警告的原因
细节

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