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带“★”与加粗文字表示特别篇
带“◆”表示动画原创，即漫画中没有的
B：出现黑衣组织
F：出现FBI
C：出现CIA
S：工藤新一以本人形象出现
X：出现服部平次
K：出现怪盗基德
1996年(001~042)
001 云霄飞车杀人事件B/S
002 董事长千金诱拐事件
003 偶像密室杀人事件
004 大都会暗号地图藏宝事件
005 新干线大爆炸事件
006 情人节杀人事件◆
007 每月一份礼物威胁事件
008 美术馆杀人事件
009 天下第一夜祭杀人事件
010 足球选手恐吓事件
★011 钢琴奏鸣曲「月光」杀人事件
012 步美事件
013 奇怪的寻人杀人事件B
014 谜样的讯息狙击事件◆
015 消失的尸体杀人事件
016 古董品收藏家杀人事件
017 百货公司挟持事件◆
018 六月新娘杀人事件
019 电梯杀人事件◆
020 鬼屋杀人事件
021 电视台外景队杀人事件◆
022 豪华客轮连续杀人事件（前篇）
023 豪华客轮连续杀人事件（后篇）
024 丧失记忆的美少女事件◆
025 真假人质绑票事件◆
026小五郎同学会杀人事件（前篇）
027小五郎同学会杀人事件（后篇）
028爱犬约翰杀人事件◆
029 计算机杀人事件◆
030 不在场证明杀人事件◆
031 电视台杀人事件
032 咖啡厅杀人事件
033 侦探团生还事件◆
034 山庄绷带怪人杀人事件（前篇）
035 山庄绷带怪人杀人事件（后篇）
036 星期一晚上七时三十分杀人事件◆
037 仙人掌花杀人事件◆
038 红鬼村火祭杀人事件
039 企业家千金杀人事件（前篇）
040 企业家千金杀人事件（后篇）
041 优胜锦旗被割事件◆
042 卡拉OK歌厅杀人事件
1997年(043~085)
043 江户川柯南诱拐事件
044 堀田三兄弟杀人事件◆
045 敷面膜杀人事件◆
046 雪山山庄杀人事件
047 健身俱乐部杀人事件◆
048 外交官杀人事件（前篇）X
049 外交官杀人事件（后篇）X/S
050 图书馆杀人事件
051 高尔夫练习场杀人事件◆
★052 雾天狗传说杀人事件
053 神秘凶器杀人事件◆
054 电玩公司杀人事件B
055 列车圈套杀人事件◆
056 清洁车杀人事件◆
057 福尔摩斯迷的杀人事件（前篇）X
058 福尔摩斯迷的杀人事件（后篇）X
059 第一次购物杀人事件◆
060 插画画家杀人事件
061 幽灵船杀人事件（前篇）◆
062 幽灵船杀人事件（后篇）◆
063 大怪兽哥斯拉杀人事件
064 第三个指纹杀人事件◆
065 螃蟹和鲸鱼事件◆
066 夜路杀人事件◆
067 舞台女演员杀人事件◆
068 暗夜男爵杀人事件（事件篇）
069 暗夜男爵杀人事件（疑惑篇）
070 暗夜男爵杀人事件（解决篇）
071 米花之狼杀人事件◆
072 三胞胎别墅杀人事件
073 少年侦探团遇难事件◆
074 死神阵内杀人事件◆
075 金融公司社长杀人事件
★076 柯南 VS 怪盗KID K
077 富豪家族连续惨死事件（前篇）X
078 富豪家族连续惨死事件（后篇）X
079 银行抢匪杀人事件
080 流浪画家杀人事件◆
081 当红歌星事件（前篇）
082 当红歌星事件（后篇）
083 综合病院杀人事件◆
084 滑雪别墅杀人事件（前篇）
085 滑雪别墅杀人事件（后篇）
1998年(086~128)
086 诱拐现场特定事件
087 白鹤报恩杀人事件◆
088 德修拉别墅杀人事件（前篇）◆
089 德修拉别墅杀人事件（后篇）◆
090 花香杀人事件◆
091 强盗犯人住院事件
092 恐怖的登山杀人事件（前篇）◆
093 恐怖的登山杀人事件（后篇）◆
094 雪女传说杀人事件◆
095 小五郎约会杀人事件◆
★096 走投无路的名侦探！连续两大杀人事件
097 离别美酒杀人事件◆
098 名陶艺家杀人事件（前篇）
099 名陶艺家杀人事件（后篇）
100 初恋情人回忆事件（前篇）
101 初恋情人回忆事件（后篇）
102 古装演员杀人事件（前篇）
103 古装演员杀人事件（后篇）
104 盗窃集团别墅事件（前篇）
105 盗窃集团别墅事件（后篇）
106 新闻照片杀人事件◆
107 鼹鼠星人之谜事件（前篇）◆
108 鼹鼠星人之谜事件（后篇）◆
109 侦探团大追击事件◆
110 烹饪教室杀人事件（前篇）◆
111 烹饪教室杀人事件（后篇）◆
112 帝丹小学七大离奇事件
113 白海滩杀人事件
114 有氧潜水杀人事件（前篇）
115 有氧潜水杀人事件（后篇）
116 推理小说家失踪事件（前篇）
117 推理小说家失踪事件（后篇）X
★118 浪花连续杀人事件X
119 假面超人杀人事件◆
120 蜜蜂鸡尾酒杀人事件◆
121 浴室密室事件（前篇）
122 浴室密室事件（后篇）
123 天气预报小诱拐事件◆
124 神秘的狙击者杀人事件（前篇）◆
125 神秘的狙击者杀人事件（后篇）◆
126 旅行戏团杀人事件（前篇）◆
127 旅行戏团杀人事件（后篇）◆
128 黑暗组织10亿抢劫事件B
1999年(129~173)
★129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件B
130 竞技场无差别胁迫事件（前篇）
131 竞技场无差别胁迫事件（后篇）
132 魔术爱好者杀人事件（事件篇）K
133 魔术爱好者杀人事件（疑惑篇）K
134 魔术爱好者杀人事件（解决篇）K
135 消失的凶器搜索事件◆
136 蓝古堡搜索事件（前篇）
137 蓝古堡搜索事件（后篇）
138 最终播映杀人事件（前篇）
139 最终播映杀人事件（后篇）
140 SOS！步美传达的讯息◆
141 结婚前夕密室事件（前篇）X
142 结婚前夕密室事件（后篇）X
143 疑惑的天体观测◆
144 上野出发的北斗星3号（前篇）
145 上野出发的北斗星3号（后篇）
146地上电车紧急煞车事件◆
147本厅刑事的恋爱物语（前篇）
148本厅刑事的恋爱物语（后篇）
149 游乐园高空弹跳事件◆
150 汽车爆炸事件的真相（前篇）◆
151 汽车爆炸事件的真相（后篇）◆
152 神秘老人失踪事件◆
153 园子的夏日海滩冒险物语（前篇）
154 园子的夏日海滩冒险物语（后篇）
155 水中的钥匙密室事件◆
156 本厅刑事的恋爱物语2（前篇）
157 本厅刑事的恋爱物语2（后篇）
158 沉默的环状线◆
159 诡异的五重塔传说（前篇）◆
160 诡异的五重塔传说（后篇）◆
161 流过流水亭的杀机◆
★162 飞天密室！工藤新一最初的事件S
163 月亮、星星与太阳的秘密（前篇）
164 月亮、星星与太阳的秘密（后篇）
165 少年侦探队消失事件◆
166 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（事件篇）X
167 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（疑惑篇）X
168 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（解决篇）X
169 维纳斯之吻◆
170 黑暗之中的死角（前篇）
171 黑暗之中的死角（后篇）
172 复活的死亡讯息（前篇）
173 复活的死亡讯息（后篇）
2000年(174~218)
★174 二十年后的杀机 圣佛尼号连续杀人事件X
175 被杀了四次的男人◆
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）B
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）B
178 与黑暗组织的再会（解决篇）B
179 咖啡厅卡车突然撞入事件◆
180 红的杀机夜想曲（前篇）◆
181 红的杀机夜想曲（后篇）◆
182 第九个门大搜查◆
183 危险的处方笺◆
★184 诅咒假面的冷笑
185 被狙击的名侦探（前篇）B
186 被狙击的名侦探（后篇）B
187 在黑暗中传出的神秘声B
188 危命的复活 洞窟内的侦探团
189 危命的复活 负伤的名侦探X
190 危命的复活 第三个选择X
191 危命的复活 黑衣骑士X/S
192 危命的复活 新一回来了X/S
193 危命的复活 约定的场所S
194 别有玄机的八音盒（前篇）
195 别有玄机的八音盒（后篇）
196 看不见的凶器．小兰的初次推理◆
197 超级汽车陷阱（前篇）◆
198 超级汽车陷阱（后篇）◆
199 嫌疑犯，毛利小五郎（前篇）◆
200 嫌疑犯，毛利小五郎（后篇）◆
201 第10个乘客（前篇）◆
202 第10个乘客（后篇）◆
203 伊卡尔斯的黑之翼（前篇）◆
黑暗组织204 伊卡尔斯的黑之翼（后篇）◆
205 本厅刑事的恋爱物语3（前篇）
206 本厅刑事的恋爱物语3（后篇）
207 完美的名推理◆
★208 通往迷宫的入口 巨大神像的愤怒◆
209 龙神山坠落事件◆
210 五彩传说的水底龙宫（前篇）◆
211 五彩传说的水底龙宫（后篇）◆
212 松茸、熊与侦探队（前篇）
213 松茸、熊与侦探队（后篇）
214 演讲厅神秘事件◆
215 复仇的海滩Bay of the Revenge（前篇）◆
216 复仇的海滩Bay of the Revenge（后篇）◆
217 目暮尘封的秘密（前篇）
218 目暮尘封的秘密（后篇）
2001年(219~262)
★219 名侦探的会集！新一VS怪盗KID S/K
220 满口谎言的委托人（前篇）
221 满口谎言的委托人（后篇）X
222 人鱼又再度哭泣（事件篇）X
223 人鱼又再度哭泣（推理篇）X
224 人鱼又再度哭泣（解决篇）X
225 生意兴隆的秘密◆
226 格斗游戏的陷阱（前篇）F
227 格斗游戏的陷阱（后篇）F
228 潜藏杀机的陶艺教室（前篇）
229 潜藏杀机的陶艺教室（后篇）
230 谜一样的乘客（前篇）B/F
231 谜一样的乘客（后篇）B/F
232 公寓坠楼事件◆
233 无法消灭的证据（前篇)
234 无法消灭的证据（后篇）
235酒窖密室事件◆
236 南纪白滨的神秘之旅（前篇）◆
237 南纪白滨的神秘之旅（后篇）◆
238 大阪3K事件（前篇）X
239 大阪3K事件（后篇）X
240 新干线护送事件（前篇）X
241 新干线护送事件（后篇）
242 元太少年的灾难
243 毛利小五郎的冒充者（前篇）
244 毛利小五郎的冒充者（后篇）
245 向日葵馆的声◆
246 缠在网子中的谜团（前篇）
247 缠在网子中的谜团（后篇）
248 治愈之森的不在场称证明◆
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