此作如同动画版一样，讲述的是从游戏进入决斗学院开始的。而玩家作为了同入学的一个“M AN”，首先还是由十代和翔为你讲述决斗学院概况，然后游戏按动画去战教授了。之后入学完毕，之后依次介绍皎岛校长，中泽，明日香，考拉，大德寺老师等动画角。
睡一觉（或者被翔虐虐后）来到第二天。一早十代就来叫了，一起来到学校。路上碰到多美大婶（这时起就可以抽卡了）。然后又到了自由活动时间。和游戏王正统做的每个敌人都出现过不一样，GX游戏里虚幻了不少新的同学决斗者，牌也不一样，爽战吧。当然手头的牌实在是... ...“补充：去学校的图书馆看完所有卡片规则后获得两张卡，初期还是很有用的：）”
一战就是一直爽战，游戏又到了日夜循环的时期。每天上课然后战XN...之间可以去别的宿舍挑战。暂时没触发新事件
自贡旅游
当游戏进行完一周，有两天连着没有去上学(双休)或者看行动时的左上角显示现在是周几。的下一个周一会举行考试，本人很是忠于原著，基本没对几个，暂时还不知会有什么关联的要素，希望和留级没关系= 3=
4级后，（不肯定，我是4级触发的）晚上来到红宿舍旁边的灯塔。触发遇到恺撒亮和明日香的剧情。对
话后回到宿舍选择睡觉。这时十代出现来与玩家对战。（可爱的HER O们啊。不过游戏的牌也不是很弱）。
之后当LV达到5级后的第二天早上。十代到玩家，发现两个人都迟到了= =！结果到达学校后被一顿臭骂。之后教授告诉我们最近深夜有人专门袭击蓝宿舍的学生，于是派我们去调查一个犯人（本来是想整我们...）接到任务后耗到晚上。回到宿舍，十代早已等候多时，约好一起去抓犯人。
一路来到地图右侧的地图里，在里面寻就能到犯人，他见到我们后直接就撤了！（果真我们看着就厉害）十代约好分头追踪，再来到地图下面的地图。在里面就能到犯人。是黑暗游戏，战胜后通过努力把两个人说通了。又成为了好少年（- -！）
一觉醒来，来到了课堂，面对教授体温犯人一事视而不见，随便搭讪两句解决。之后再次进入天天战斗的世界
当LV达到6级且多与蓝宿舍的两个小子战斗(两个元素应该都有)，晚上睡觉后出现剧情，翔来叫玩家说有人在湖旁等着我。不会是MM吧？！当然，答案肯定不是。来到地图下方的地图里，湖旁出现时间，万丈目看我最近比较嚣张所以来挑战，当然直接KO掉他就可以了。战完睡觉
推完万丈目就开始对游戏里的MM动手了狂推倒蓝的两个MM选手后明日香发来邮件。其实并不是本人发的，而是一个局。玩家傻忽忽的来到地图下方的女生
宿舍里触发剧情，被所有人视为偷窥者。有里说不清，在游戏王里卡片是王牌。将明日香也推倒后就可以塌实回宿舍了。
到了晚上，玩家感觉到了有东西在召唤自己。一路来到上方地图里，左下出现一口井。是被抛弃的卡片的墓地。直接触发剧情收了一个小精灵（作用见上：精灵用途）。回到宿舍睡觉。
第二天教授还是对我们昨晚的事纠缠不清，没办法。假邮件就是他写的= =！（这时商店出现HERO卡组~我的最爱啊~~）
来到黄宿舍。出现剧情，中泽也来挑事。要我们看他的无敌6牌组。将其轻松KO后，他也拜倒在了我的牌技上... ...
回到红宿舍，大德寺老师向我们介绍来了一个新入学的同学。虽没说明但一看就是女的... ...寒暄几句后自由活动。
来到蓝宿舍。发现新生竟然在学校NO1恺撒亮的房间里着什么。玩家与十代急忙上前阻止。没想到他跑的快我们到被抓了。又被当成了小偷。我这个汗啊......36计走为上。
一路追赶女孩来到上面的地图，直接将其废掉。这时才知道她是看上了恺撒才来学校的。而当玩家战胜她后又看上玩家了。再次大汗。将她送上船后总算能塌实的睡觉了。
话音还没落，中泽又直接闯了近来。说是让我见识他的第七牌组。没办法，为了睡觉。杀了他吧... ...
总算又解决了中泽，塌实多了。来到学校，本以为可以歇两天了。没想到教授又想出新招了。让我和万丈幕再交手一次。输了的退学。真是麻烦啊。晚上来到学校新出的第4个地点-决斗场。将他的XYZ套杀掉，回屋睡觉。
由于我们太有魅力，让好多同学来到了红宿舍，另很多人气愤。直接来到地图上方搜索能见到黄宿舍的老师。他很生气我们把他的学生全拉到红宿舍了。没办法，战吧。还是比较轻松的战胜了他。他也认了。还送我了件黄宿舍的制服。可以换装了：）
又到了闲逛的时候。晚上到上方地图可以见到一个奇怪的生物。3星难度用的是大德寺老师的宇宙套牌。杀完暂时还没触发什么
苯的物理性质几天后的晚上回宿舍触发大德寺老师的剧情。他告诉我们学校有个废掉的宿舍，因为那里曾经发生过
学生丢失实践。回到宿舍，十代对此很赶兴趣，交玩家和他一起探险。不过今先睡了，明再说吧。
第二天的晚上，十代，翔如约而至。一起出发。来到地图的上面，进入废掉的宿舍。发现明日香也在。原来她的哥哥就在这里失踪了。大家一起进去冒险。忽然，一个黑暗决斗者闯了近来。用明日香做人质，让玩家和他进行黑暗游戏。来就来吧，谁怕谁。干掉他后，大家象没事一样的回宿舍睡绝......
又过了一天，教授又来事。说我们去废掉的宿舍是禁地，有要惩罚我们，特地来迷宫兄弟跟我们战。此战要先为十代组牌，随大家。不过你看AI战时就知道他多傻了= =
继续四处乱战几日后去地图北边或西边搜索，会搜到考拉对自己的牌失意的事件。要为他重起信心。
来到地图的右边。有个叹号，触发考拉事件，将其战胜后他重拾了信心（现在的人啊...输了到有信心了ORZ）
之后变触发万丈目逆袭事件，将其KO掉后，晚上到灯塔触发明日香事件，他告诉玩家万丈目失踪了。打击可能太大了吧==！
晚上宿舍触发精灵杀人事件。一个蓝宿舍的学生象主角们求助。路见不平拔刀相助。在红宿舍的旁边解决掉人造人索加。
现在开始决斗者都有了新的卡组，原来的凑数角也变的强了不少。现在开始LV U P计划了。
工资发放制度当LV12，晚上在红宿舍附近能搜索到神乐板，战胜一次后剑山出现来与我们挑战！天啊，这简直跟动画差太远了。怎么这么早他就出来了... ...
K O掉剑山后，触发展览游戏（上作主角）的卡组事件，没想到上来就被别人偷了。没办法，谁让咱们是好人，帮着吧！一路追至地图下方见到神乐板。将其偷的卡组KO。又让他重拾了信心。
当LV13后，触发学校代表选拔事件。要和卫星校来一场比赛。（胜利后胜利方校长得到卖卡的多美婶婶的一温。OH~M Y GOD~）。这时就要再战十代，中泽了！
过了几天后在红宿舍附近可以见到剑山，虐杀他！然后不会触发什么剧情。
一直战斗LV UP，基本要到LV15左右触发剧情。终于来了，分校代表-称之为“无限被虐的-万丈目~闪电~~~~”。之后做什么不用说了吧，为了校长得到一吻，不能输啊
此时。就进入七星要把幻神解封印的事件了。这时可以有剧情新包抽了~
早上，校长拉你去问话，告诉你幻神的事情。（岛上其实封印着三只幻神兽，想揭开封印的话必须凑齐7把钥匙。而现在，正有个叫七星的组织对幻神虎视耽耽。）这样我们就又有新任务了。
三年级音乐教学计划首先来到地图左边，会见到DA RKNES S，这就是之前去旧宿舍明日香的哥哥，而现在他被洗脑了，我们需要战胜他，让他恢复。
再来到地图下边，会见到吸血鬼女，继续K O掉她。
来到地图右边，会出现竞技场，里面是亚嘛逊野蛮女（动画中中泽对她情有独钟...），虐杀。
然后来到灯台触发恺撒和明日香聊天的事件，之后传说中一生不败的法老王决斗者出现。
决斗后到了医务室发生剧情追去岛北部废宿舍再战之前那个黑暗决斗者。
当L V18后校长会告诉你“第七人之影”。这时再去废宿舍会发现大德寺老师。原来这小子才是幕后黑手，但他死也没说出他在为谁效力。虽然战胜后得知他的用心但让我们这么麻烦的转了半天还是要将他轰杀至渣的！
这时在地图右边会发生吹雪教万丈目追明日香的剧情。（纯属恶搞= 3=）
此后。在地图右边发现迷之建筑物出现，然后影丸老头也随知出现，这个决斗学院的最高人物竟然是七星事件幕后主脑影丸（就是大德寺老师死也不说的人）而他用的当然是他梦寐以求的释放的三幻神了~~当然，游戏里的他还没动画里渣。
不是一起用三幻神卡。而是分为三战，一战一只。不过这还是有些难度的。不过对于有BU G的大家应该不算什么：）
情人节送女友祝福语
至此，幻神事件终于解决了！！！
这时考拉的才制作卡片能力得到了肯定，被I2邀请离开了校园。凯撒也会在白天会探访你，邀请进行模范毕业生的毕业决斗（这可是莫大的荣幸啊：））
这时大家迈向第二学期
首先，厉行的校长训话... ...新学期里来了一位新的转校生-爱德（使用D HERO 套牌的家伙）。而且家伙很是嚣张，上来就来挑战，没话说。比你小子大一岁呢，再加上有无敌SAV，抹杀！
来到红宿舍附近，剑山这家伙也来了，这一间小宿舍要住的人是越来越多啊... ...
放学后在学校前得知凯撒在职业联赛被爱德打败，回到红宿舍后十代前来说翔很烦恼、而后玩家来到画面右边发现翔。
过了几天放学后凯撒来了决斗学校，这时的恺撒已不再是当时的恺撒，而是地狱中重生的恺撒！蓝宿舍的人说万丈目前去挑战了，这时在红宿舍附近发生剧情。明日香的哥哥会不牺牺牲自己去和恺撒决斗，希望可以让恺撒变回之前的恺撒。玩家也马不停蹄的到了地图右边。
师德演讲稿又过了几天，学校决定举办GX大赛！还有职业选手参加！
晚上太激动了无法入睡，出门可以遇到翔。还可以到火山口去和地狱恺撒较量。
GX大会全面展开！大家一路高歌猛进！最后直至冠军而最后的对手就是我们的好友-游戏十代！！！
THE E ND... ...
通关后，可以进行二周目继续游戏。通过校长的EMAIL大家就可以用一张禁卡了！~还会告诉大家44323104的号码。
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