⽐较转录组≠⽆参转录组的⽐较
派森诺转录组致⼒于科技服务的产品丰富且专业,产品在丰富的同时也有细致划分。今天带⼤家来了解⼀下对于⽆参考基因组的物种,⽐较转录组和⽆参转录组的区别。qq网名女生
区别:
1、分析⽬的不同:
⽆参转录组测序:利⽤⾼通量测序技术进⾏cDNA测序,全⾯快速地获取某⼀种特定器官或组织在某⼀状态下的⼏乎所有转录本。根据将不同组的unigene进⾏⽐较,得到差异基因进⾏分析。
⽐较转录组测序:是基于⾼通量测序平台,通过RNA-seq技术⼿段研究物种进化,通过不同物种或亚种间mRNA序列差异进⽽分析近源物种间的亲缘关系,挖掘明显受到正向选择或负向选择的基因。适⽤于同⼀物种不同遗传背景品系(不同亚种、野⽣种、栽培种)。
2、拼接⽅式不同:
⽆参转录组要求样品是相同物种,拼接时所有样品的reads在⼀起拼接成unigene当做背景,然后进⾏命名和注释。
⽐较转录组的样品是不同种,因此拼接时将每组样品的reads在分开拼接,然后分别进⾏命名和注释。这样就⽆法对不同组的样品进⾏差异基因的⽐较。
英雄联盟排位等级就业前景好的10大专业3、分析内容不同:
⽆参转录组分析内容:
⽐较转录组分析内容:
魏无羡蓝忘机⽆参转录组可以做差异基因的表达量分析,⽽⽐较转录组由于是不同物种,unigene是分开拼接的原因,⽆法统计表达量。原因是测序后的reads会通过软件拼接成unigene,在此过程中,由于拼接⽅式不同,我们是先对拼接好的unigene 进⾏命名,然后做接下来的分析,因此导致相同基因在不同物种中命名不⼀致,或者命名相同的基因实质上不是同⼀个基因。所以⽆法做差异基因表达量的统计。
吃柿子七大禁忌食物相克图如果研究的⽣物没有基因组信息,建议不要将不同品系,甚⾄不同种的⽣物在⼀起拼接当做⽆参转录组测序分析。老师谢谢你作文
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