Imageproplus的主要用途是分析测量图象。
1.基本操作
2.AOI技巧
3.AOI技巧续
4.编制宏操作
5.计数
美国总统要求6.校正标尺
7.几何测量
8.图象分析策略
9.其他有趣的功能
10。讨厌的光密度
十二生肖的成语
11.免疫组化光密度图片的测量
12.免疫组化光密度图片的自动测量
13.荧光照片的测量
14.双染料染照片的合成方法打开ipp后的界面是这样的,该从何处下手呢?
这张照片中的黄部分是免疫组化染的阳性表达成分。处理目标是通过测量图片中黄部分的"黄"度来反映相应蛋白表达的的"量"可爱女孩网名。对该图片进行观察,可以看到图片中主要有三种主要颜,一是染成蓝的细胞核,二是呈现出黄的胞浆,三是细胞间的空隙区域,呈现出浅蓝,是为背景。所以首先要把图片中呈现黄的区域给挑选出来,然后才是测量这些挑出来的区域的各种测量参数,如面积、平均半径、周长、光密度等等。 这部分需要挑出来进行测量的区域是我们最感兴趣的地方,叫作AOI(area of interest)。AOI是IPP中最有用最重要的概念。然而在选择AOI之前必须转换图象intensity格式。校正光密度单位的操作要在打开第一张图片后立即进行。将光密度单位设定为system之后就不必再对后面的每一张照片都进行光密度校正了。在默认的intensity格式中,是图片灰度,越黑数值越小,越白数值越大。而实际上我们测量的染强度是光密度,染越深,光密度值越大。如果不进行光密度单位的转换,测量的数值将完全是错误的。转换光密度单位的方法如下:点击:measure--carliberation--intensity,调出intensity校正窗口。然后在窗口中点new按纽,再点一下下面的std optical density选项,这时可以看到窗口中的直线变成了反向的曲线。然后还要点一下最上面的system按纽。最后点close关闭窗口。这样就把程序系统的灰度单位转换成了光密度单位。 然后就是如何能够准确地选取AOI就是使用IPP的关键操作。一旦准确地选取了AOI,下面的测量分析就好办了。在其他的测量软件中,选择这种不规则的区域一般只能用手拖着鼠标来画,而在IPP程序里,可以通过设置颜范围让电脑来帮助你选择这些不规则区域,这样的选择就准确多了。可以说,使用IPP的要点就是灵活地使用各种AOI工具准确地把那些需要测量的区域给挑选出来。对不同的图片,需灵活地使用各种适当的AOI工具,先用最简单的,当然,简单的工具只能作简单的事,就这张图片来说,用简单工具选黄有点困难,我们先用它来选择蓝的细胞核吧。点击measure---count/size,弹出分类测量窗口。 |
dnf新异界攻略在窗口中选中manual,再点击select color,弹出颜选择窗口segmentation,这个工具是IPP最有特的颜选取工具之一。用好这个工具是使用IPP的要点。
对于目标颜鲜明的图片,用吸管工具是最简单的。点一下吸管图标,在目标区域点一下,就可以选中该点的颜,当然一下是不可能完全选中所需要指定的全部区域,可以在未选中的地方接着再点,这样多次选取,直到把想选中的区域全部选中为止。在这张示例图中,选中的蓝细胞核部分被标上了红。用红框圈起来的四个工具按纽分别是:吸管、撒消上一步操作、橡皮擦、全部清除。下在的小方框里则是吸管位置的选取颜。
篾图片中被标上红的区域被定义为一个class,其中每一个独立的小区块被定义为这个class中的一个object。以此图为例,图中深蓝的部分是细胞核,因此所有的细胞核都被选中成一个class,其中每一个细胞核就是一个object。
选取完AOI后,点击close回到count/size窗口,下一步就可以对选中的object进行测量操作了。点击count/size窗口中的measure菜单,点select measure,这是选择要进行何种测量操作,在弹出的测量选择窗口左侧列出了各种可用的测量选项,最常用的测量有:area面积、density(mean)平均光密度、diameter直径、IOD(integrated optical density)累积光密度。
在相应的项目上点一下,该测量项目就被选到中间的窗口中了,同时关于该测量的详细说明会显示在最右边。如果想取消某个已选中的测量项目,则在左边窗口中该项目上再点击一下就可以了。
不锈钢清洗选好了待测量的区域,也指定了测量项目,就可以进行测量统计了,点击一下测量选择窗口的OK纽,关闭这个窗口,就回到了count/size窗口,再点击一下count按纽,就可以看到程序在进行测量,稍等几秒钟即可读取测量数据。分别点击count/size窗口中view菜单中的measurement data和statistics,就分别弹出这两个数据窗口。前者是这个calss中每一个object的测量数据,后者是这些测量数据的统计参数,如总数、平均值、累加、标准差等。本例中得到的就是每个细胞核的面积、平均光密度值、直径、累积光密度值。统计数据则可得到这张图片中所有细胞核的平均面积、平均光密度值,平均直径、累积光密度值,当然还有细胞核的数目,就是所有object的数目。
测量数据转入EXCEL处理起来最方便。只要在数据菜单中点file - DDE to EXCEL。数据就传到EXCEL的sheet1里去了。在这个示例图片的统计数据中samples为图中所有细胞核的个数。第一列为area,其中的Mean值为各个核的平均面积,后面就是平均灰度、平均直径,这些是有意义的测量统计数值。但IOD却是SUM值更有意义。
AOI技巧
在IPP中,最有特,最有用处的工具有两个。一个就是我们已经看过的segmentation工具,另一个是irregular工具。我们先看irregular工具。这是一个用来描绘不规则孤立对象边界的工具。图中一个个棕黄形状是免疫组化染的贴壁培养细胞,为了计算每个细胞的面积及蛋白表达,首先就是要选取每个细胞的边界线。这就可以用到irregular工具了。在工具栏上点一下那个不规则园形的按纽,就调出了irregular工具条。
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