pubmed基本知识普及[试题]
PUBMED检索小技巧
pubmed是我们最常用到的检索数据库,功能非常强大,但在实际应用过程中往往有一些非常实用的功能不被重视,下面就我的使用经验谈谈体会,请高手指正并补遗。
梦见强盗进屋1、History功能:作为PUBMED的“四大金刚”之一,至少有50%的人忽略了它的好处。当你检索的主题词有很多的别名、定义或缩写时,或者你要检索多个领域交叉的文章时,如果单单在检索框里输入检索词和逻辑运算符,将显得非常累赘、容易出错并且不易查全、查准。这时你可以试试HISTORY功能:每次检索时只要输入最简单的检索式,然后进入HISTORY,这时你就发现刚才你所有的检索结果都在里面,而且还编上了号,接下来不用说了,你就可以随心所欲地排列组合你的检索词了,如:#1 AND#2,#2 OR#3 NOT#4,等等,就象在Medline中检索一样方便。(注意:在HISTORY中输入检索式后按回车的效果与按PREVIEW 按钮是一样的,即仅显示检索结果有多少篇,但按GO按钮之后就会跳出HISTORY进入题名或文摘界面,再进HISTORY时就需切换一下,有点麻烦)
2、CUBBY功能:使用CUBBY功能(在PUBMED界面的左边有CUBBY的链接)可以保存你的检索式。如果需要跟踪某一领域的最新进展,可以将检索式保存在CUBBY中,定期调用查看一下就能紧跟潮流了:-)。 CUBBY功能需要注册,不过是完全免费的(大家抢啊,呵呵)。
3、高效利用PUBMED:在实验过程中常常会为引物设计、退火温度、蛋白质大小等等的实际问题所困
扰,回顾文献往往效率很低,查不到很具体的东东,这时可以祭出PUBMED,把你所要的东西直接敲进去,如Primer, RT-PCR, Western Blot,等等,总而言之就是把PUBMED 当作GOOGLE来用好了,由于PUBMED收录的文章关键词给得很全,很多,所以十步之内必有芳草,可能连你预期的实验结果图例都有了,呵呵。当然我给例子很片面,大家可以举一反三,大胆尝试一下,肯定会有收获的。
4、Journal DataBase:PUBMED不光提供了许多全文链接,而且其JournalDatabase功能也很有用。当你看到一篇参考文献而不知道期刊全名时,用JournalDatabase搜一下就可以了,然后把全名往GOOGLE里一贴,就可以到这本期刊的网站了。JournalDatabase另一个重要功能是提供网上全文期刊目录,对于哪本杂志被哪些数据库收录、收录了哪几年的都有详细的说明。由于数据库之间存在交叉收录现象,所以知道这些信息是非常有用的。
比如,要circulation的一篇文章,但手头没有MM,查看期刊目录,发现circulation 被ovid收录了,而学校恰好订了ovid,于是搞定。再比如,PUBMED中PACE的全文链接指向Ingenta数据库,众所周知Ingenta是比较难***的,其^DL和MM都少,但是仔细一查,发现PACE在Blackwell数据库也有收录,而Blackwell在学校也有订阅,而且在网上MM儿童买机票
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流传甚广,当然很容易就搞定了。还有一些比较偏的杂志,在网上没有自已的站点,但有可
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能被一些常见的数据库如Proquest、Ebsco等收录,知道这些情报之后就可以有的放矢了。
建议在文献求助区发贴求助的站友在求助前能先进database中查一下,看看到底哪些数据
库收录了你想要的文章,一并列在求助贴中,这样即方便了别人,也方便了自已。
PubMed检索完全攻略(1)
BIOX.CN  2005-4-17 21:07:00 来源:生命经纬
第一章进入PubMed魔法学校--PubMed概述
有位退休的老教授不止一次的向我感叹:"你们现在真是幸福,我们那时候要查一篇相关的文献,要到图书馆一本一本目录去检索。尤其是做一些别人不太做的课题时,要搜集几篇有用的文献,竟要花上3,4个月时间,而你们现在……。"趁他打顿的时候,我告诉他,"快的话,可能只要3秒钟"。从他两个厚厚的酒瓶底后面露出一丝羡慕的眼神。
我可以想见他当时在一大堆期刊中埋头查阅的情形,但对于现在的医学工作者来说,我已经无法想像,如果我们失去PubMed,世界将会怎样。
尽管在因特网上,类似于PubMed的医学文献检索系统并不少,但就其信息量,使用的方便程度,更新速度等多方面因素而言,PubMed都首屈一指。还有非常重要的一点,正如它的名字(PubMed=Public+Medicine)所暗示的, PubMed是免费向公众开放的。无论何时何地,你只要在浏览器地址栏中输入:
bi.v/pubmed/就可以立刻进入PubMed的界面并开始享受PubMed所给你带来的无穷便利。
俗话说,喝水不忘掘井人。PubMed是美国国家医学图书馆(NLM)所属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的因特网生物医学信息检索系统,位于美国国立卫生研究院(NIH)的平台上。有不少西方人有在饭前祈祷感恩的习惯,不知道我们是否也有必要每次使用PubMed前都感谢NCBI呢?
PubMed覆盖了全世界70多个国家4300多种主要生物医学期刊的摘要和部分全文。其覆盖的时间段也非常长,早的可以追溯到20世纪60年代,通常而言,这已经足够早了,很少有人会需要查阅在此之前的文献。当然,研究生物医学史的工作者可能是个例外。而最新的文献几乎就在此时此刻。与PubMed挂钩的出版商会自动向PubMed提供最新的文献摘要,而往往在这个时候文献还没有正式出版。所以尽管生物医学的文章从被期刊接受到出版往往要好几个月的时间,但借助于PubMed,我们仍旧可以随时掌握最新的动向,从而大大有利于自己的临床和研究工作。还有些出版商通过PubMed提供文献的全文,有时甚至是免费的,这样,我们就可以在PubMed上真正享受"坐拥书城"的感觉了(关于如何获取全文将在以后的章节中详述)。
进入PubMed的主界面后,首先映入我们眼帘的就是页面上方的检索框和功能键(如下图)。
这是PubMed的核心部分。大部分工作,我们只要利用这"一框五键"(检索框,Limit键, Preview/Index 键, History键,Clipboard键和Details键)即可完成。
在主界面的左侧框(如左图),有:
· Journal Browser期刊浏览
·MeSh Browser可以用它来分层流览MeSH表
· Single Citation Matcher输入期刊的信息可以到某单篇的文献或整个期刊的内
容。
· Batch Citution Matcher用一种特定的形式输入期刊的信息一次搜索多篇文献。
· Clinical Queries这一部分为临床医生设置,通过过滤的方式将搜索的文献固定
在4个范围:、诊断、病原学与预后。
· Old PubMed (使用旧式的PubMed查询方式)
3) Related Resources
· Order Documents可以使用户在当地得到文献的全文,但这是要收费的,至于
如何免费获得文献全文,我将在后面的有关章节中详述。
· Grateful Med是对另一个NLM基于网络的查询系统的链接。Grateful Med也提
供MEDLINE的接入,并且还有一些其他的数据库如AIDSLINE、HISTLINE等等。
·
Consumer Health提供与MEDLINEplus的链接,MEDLINEplus是与消费者健
康信息相关的国家医学图书馆的网络节点。
· Clinical Alerts此部分的目的是加快NIH资助的临床研究成果的发布。
利用左侧框的这些服务,我们不仅能够进行功能更加强大的检索,而且还能得到不少非常有用的服务。这些都将在后续章节中介绍。
总体而言,PubMed的界面相当简洁清晰,几乎是傻瓜式的。
然而傻瓜式的界面并不意味着傻瓜式的操作。我看到很多人用了几年的PubMed,还是只知道在检索框里输入一个关键字,然后按一下"Go"按钮这样一种单一原始的检索方式。虽然有一半左右的情况,这样的操作就足以得到令人满意的信息,但对于另一半情况,就没有那么幸运了,要么你真正所需的信息湮没在大量纷繁芜杂的"无用"信息中,要么你只得到了大量有用信息的冰山一角。
令人费解的是,很多医务工作者宁可在每次检索时都花上成倍的时间,却不愿花上几个小时的时间去认真研究一下PubMed。"君欲善其事,必先利其器", PubMed就好像一把功能强大的,你决不能仅仅满足于知道扣动扳机就可以发射子弹,更重要的是,你要知道如何利用准星瞄准,如何把这把的功能发挥到及至。
在以后的章节中,我们将逐步深入地了解PubMed,相信通过这些章节的学习,我们可以真正熟练掌握PubMed,从而使自己的工作事半功倍。
PubMed检索完全攻略(1)
BIOX.CN 2005-4-17 21:07:00 来源:生命经纬
第二章PUBMED简单检索技巧
一.在这一章里,我们将对如何应用PUBMED这一得力助手检索文献,作以简单介绍。
1.当你打开浏览器,在地址栏内键入bi.v/PubMed/或是v/后,就进入了PUBMED检索系统主页,可以见到如下的页面。
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2.在靠近页面上部的地方,首先映入我们眼帘的,即是供我们输入所需查询内容的检索框。
在检索框中输入查询词,然后单击"go"按钮或按回车键,PubMed将会自动开始检索,并将检索到的相
关条目显示在屏幕上。在检索框前面,你还可以选定所要检索内容的数据库范围,除NCBI的数据库以外,可供选择的还有:PROTEIN, STRUCTURE, POPSET等等。
说到这里,很多人可能以为只需傻瓜式的输入几个字符然后回车一敲便可万事大吉,其实不然。每个人搜索效率的高低往往存在很大差别。在这里提供以下建议仅供读者参考:
•明确你索要检索的关键概念及词语,即关键字;
•考虑到关键字的类似说法,即有可能出现的同义词;
•通过限定DATES, STUDY GROUP等,精炼你的检索范围;
•多向有经验的人求教,因为不同的专业背景以及个人的差异,都有可能形成不同的方法和技巧。
3.通过布尔(BOOLEAN)运算来提高你的效率
最常用的三种布尔运算即是AND,OR,和NOT。
•AND提供的运算方式即不管所输入的两个关键词语所出现的位置在哪,只要他们都出现在索引文章的某一处,就将其列出。
•而OR则是将出现至少一个关键词的文章列出,这种运算在想将相似主题的文章罗列在一起时,十分有效。
•NOT运算可以在你的检索范围内将某些不需要的部分除去。但是在使用的时候要特别注意,会有可能将一些你所需要的文章漏掉。比如当你的检索词为LEAD POISONING NOT CHILDREN时,除了会删除掉那些仅讨论儿童的文章,同时也会删去那些同时讨论儿童及其他年龄组的文章。
4.PUBMED检索类型
通常我们所要查询的单词类型大致可以分为:
•词语(主题)检索这时我们在PubMed主页的检索框中键入的是英文单词或短语(大写或小写均可)。然后回车或点击"Go",PubMed即使用其词汇自动转换功能进行检索,并将检索结果直接显示在主页下方。
来组词

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