1、利用Map viewer 查基因序列、mRNA 序列、启动子(Promoter)
下面以人的 IL6(白细胞介素门事件全图 6)为例讲述一下具体的操作步骤
1. suv哪款性价比高打开Map viewer 页面, 网址为: bi.v/mapview/index.html 在 search 的下拉菜单里选择物种,for 后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示:
2.点击“GO”出现如下页面:
3. 在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框, 在Gene前面的小方框里打勾,然后点击Filter. 出现下图:
说明一下:1、染体的红区域即为你的目的基因所处位置。2、下面参考序列给出了三个,是不同的部门做出来的,经我验证,序列有微小的差异,但总体来说基本相同。尽管你分别点击后,序列代码、序列代码等有所差异,但碱基基本一致,不影响大家研究分析序列。现在普遍采用的是最上面的那个序列,这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。我也推荐大家使用这个序列。
4.点击上述三条序列第一条序列(即 reference)对应的"Genes seq",出现新的页面,页面下方为:
5.点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”,即下载查看序列等功能,结果如图所示:
先对上面这张图做点简要的说明,在 Sequence Format(序列输出格式)后面是一个下拉式选择菜单,默认的为 FASTA 格式,还有一个是 GenBank 格式。我推荐大家选择 GenBnak格式,因为这个格式提供了很多该基因的信息,而 FASTA格式只有基因序列。
6.在 Sequence Format 中专有哪些专业后选择 GenBank,然后点击下面的 Display,目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。点击后如图所示(网页较大,只抓取一小部分以作示范) :
在上述打开的网页中,你可以看到基因长度,基因序列,以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。 你会看到: mRNA join(3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..8394) 这代表了从基因的 3598位开始就是转录区了, 即我们常说的 mRNA 片断, 由于内含子的存在,所以 mRNA 中华传统文化有哪些在DNA 序列上分成了几段。 CDS join(3660..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..7970) CDS 天台爱情票房代表编码序列,即蛋白编码区是从 3660 开始的(ATG) ,由于剪接作用所以 CDS 区也是不连续的。
说到这里,可能很多朋友都已经明白了 promoter 即启动子区域在哪里了。但我还是再唠叨几句:转录起始位点前面是基因的调控区,启动子区没有明显的位置定义,大家也只是猜测它的大体位置,如果你要研究 promoter 区的话,建议你选择转录起始位点前的 2000个碱基进行研究,一般默认的是这样。当然你如果觉得长度太长不好研究的话,也可以只研究-1000 到0这一千个碱基,因为一般情况下,启动子区的变异都在这个区域内。
这样大家就可以到自己的目的基因序列和启动子了,这种方法可能使用的人不是很多,但我个人比较喜欢,因为它最大的优点是可以到启动子区域和其他调控区域。希望大家可以发帖交流,让我们把 NCBI 用的更好!
2、如何查连续的mRNA、cDNA、蛋白序列(依然以人类的 IL6 为例)
1.进入NCBI 主页:bi.v/ 在 search 后面选择 Gene,在 for 后面填写需要查的基因的名字。如图所示:
出现了很多基因序列,在每个序列的右边还有“Order cDNA clone” 的链接,这些序列中有些序列是跟你的目的基因同名的,有些是别名(Other Aliases初中毕业上大专)与你的目的基因一致,根据每个序列的介绍认真选择你的目的基因。上图中我需要的 IL6 是标号为2的序列。
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