abaqus如何并行计算_【转】高性能计算服务器下的Abaqus安装及并行计 ...
abaqus如何并⾏计算_【转】⾼性能计算服务器下的Abaqus安
装及并⾏计算
前⾔:技术⼯程师的⼀项⼯作就是装机,看似简单,其实有时候蛮复杂的。尤其是现在,⾼性能计算机越来越普遍的今天,有时候安装⼀台机器甚⾄都需要跑个好⼏趟。Windows机器很容易,⼀路Next问题不⼤,Linux可就⿇烦了,回想第⼀次怀着忐忑的⼼情杀向客户,安装linux系统,插上U盘以后,居然发现系统不到U盘,急得满头⼤汗,到处电话求助,才知道Linux需要Mount⼀说,还好林博⼠宽宏⼤量,没把我当场撵出去。如今,安装的⾼性能机器少说也有⼏⼗台了吧,虽说对Linux还是有些发怵,不过,难题吗,还是⼀般都能解决的。 本⽂读者只限于Abaqus⽤户,其他⽤户可以参考。
在传统的linux并⾏计算中,⼀般⽤户都是⾃⼰采购⼏台配置相同的主机,安装linux
redhat系统,搭上⽹线,⼀个⼩型的Cluster就搭配好了。这个架构⾮常简单,容易搭配,软件安装起来也很⽅便,只需要将软件安装在每台机器的同⼀个位置,配置好RSH
SSH服务即可。随着硬件价格的⼤幅降低,企业采购各种计算服务器也很普遍,最常见的的类型就是⼑⽚服务器,⼑⽚服务器的⼤幅度推⼴给安装⼯作带来了新的挑战。
如图,如果把⼑⽚服务器打开来,⼀般分为上边⼏个组成部分。⼀个管理节点,⼏个计算节点,计算中
⼼还有存储节点等等,通过⽹络交换机连接,另外还有电源管理系统,⽤户本地计算机等。为了保证信息的安全,⽤户⼀般都不能直接登录到计算节点,必须先登录到管理节点,通过管理节点再SSH登录到计算节点,进⾏所有操作。当然,除了软件安装和⽤户管理需要登录到计算节点外,通常情况下,普通⽤户是没有必要登录到计算节点的。
别问我是谁歌词appleid申请管理节点⼀般都拥有两块或者两块以上的⽹卡,⼀块和外⾯的操作⽤户联系,⼀块和下⾯的计算节点联系。在申请license的时候,申请和外⾯联系的⽹卡Mac地址即可。
管理节点会虚拟⼀块⽹络硬盘(NFS)和计算节点共享,这块⽹络硬盘可能是在管理节点上,也可能会在某个单独的存储节点上。虚拟出来硬盘以后,所有的计算节点的同⼀位置都可以看到这个⽂件夹。如需要查看挂载位置可以计算节点下查看
Exports⽂件。 命令⾏是:
或者 输⼊命令
showmount
即可查看⽹络硬盘的挂载情况。这种结构给我们的⼯作带来简化的同时,也带来⼀些问题。带来的便利就是没有必要每台机器都安装了,只需要安装⼀次即可,环境变量也只需要配置⼀次。
第⼀步:安装Abaqus
赛尔号最厉害的精灵
安装软件的时候需要注意的事项是:安装product的时候,license host ⼀定要写
火炬之光2 加点
hostname,⽽不能以IP地址代替。要不然⼦节点在计算的时候会不到license⽂件,因为⼦节点和管理节点连的⽹卡是不⼀样。
顺利安装以后,最好通过环境变量配置,让linux系统能够认识Abaqus的命令,这样对于⽤户来收,没有必要每次提交任务的时候都需要写绝对路径。配置办法:
Vi /etc/profiles
编辑这个⽂件,在⽂件中加⼊
京东24小时人工页眉页脚怎么设置export PATH="$PATH:/share/abaqus/610-2/Commands"
保存,重新登录即可。管理节点和计算节点,每⼀台都需要配置。
第⼆步,确认RSH通信协议的存在
现在RSH由于安全性问题已经不再是标准linux搭配了,由SSH所代替。倒是Abaqus的并⾏还是以RS
H协议为主。SSH也可以,
mp_host_list
=[['compute-00-01',8],['compute-00-02',8],['compute-00-03',8],['compute-00-04',8],['compute-00-05',8],['compute-00-
06',8],['compute-00-07',8],['compute-00-08',8]]
这⼀步很多时候,都可以要求硬件提供商配置好。
第三步,确认⽂件夹的可操作性。
理论上,这个时候就可以进⾏并⾏计算了。但是运⽓好,你可能会成功,运⽓不好,Abaqus会通过预处理pre程序,但是在计算的时候会毫⽆道理的退出,⽽且在sta和msg⽂件中没有任何提⽰错误的信息。为什么呢,这是因为⽂件夹属性问题。Linux对于⽂件和⽂件夹的属性⾮常详细,分为“可读,可写,可执⾏”,另外,组和⽤户还不⼀样,安装的软件时候最好使⽤最⾼权限的Root⽤户。
但是还会存在⼀些问题。由于提交任务的时候是通过管理节点提交的,也就是计算⽣成的⽂件夹和⽂件都是有管理节点所创建的。由于计算节点在计算的时候会在当前⼯作⽬录(/share下的某⽂件夹)写⼊⼀定的数据,所以必须要求当前⼯作⽬录对于计算节点也是可写的。
但是,很多情况下,如果是通过管理节点登录SSH到计算节点下,会发现⼀个在管理节点创建的⽂件夹对于计算节点并不可写,就算SSH ⽤的是Root⽤户!但是你在查询⽂件夹属性的时候明明看到这个⽂件夹是可写的。
这是由于⽹络硬盘(NFS)的协议所引起的,解决这个问题的办法就是让登录计算节点的ROOT⽤户拥有真正的Root权限。编辑管理节点的
exports⽂件:
vi /etc/exports /Share *(rw,no_root_squash) /home/test 192.168.0.100(rw)
加⼊no_root_squash的意思是如果⽤计算节点登录共享⽬录,如果是 root 的话,那么对于这个贡献⽬录来说,他就具有
root 的权限!
第四步,修改环境变量
设置ABAQUS环境变量,进⼊abaqus/6.10-2/site⽬录,编辑v⽂件:在mp_rsh_command下⾯加⼀⾏
mp_host_list =[[‘PCnode1’,1],[‘PCnode2’,2],[‘PCnode3’,3]]
这个就是调⽤计算机及其Cpu个数的次序了。
第五步,计算。
拼RP的时候了,如果你的RP够好,应该不会再出现叉⼦了。
PS:在管理节点提交认为的时候,如果只调⽤⼀个CPU,那计算程序将会在管理节点上运⾏。只有2个或者超过2个以上的CPU,才会调⽤mp_host_list⾥⾯的计算节点。

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