X－Y平面内平移选定的对象 SHIFT + 鼠标中间拖动
X－Y平面内平移选定的对象 SHIFT + ALT + 鼠标右键拖动
相对屏幕水平移动选定对象 SHIFT + X +鼠标中间拖动
相对屏幕竖直移动选定对象 SHIFT + Y +鼠标中间拖动
相对屏幕垂直移动选定对象 SHIFT + Z +鼠标中间拖动
相对屏幕水平移动选定对象 SHIFT + ALT- 鼠标水平移动
相对屏幕竖直移动选定对象 SHIFT + ALT- 鼠标竖直移动
相对屏幕垂直移动选定对象 SHIFT + ALT- Z－鼠标移动
沿着XY轴旋转选定对象 SHIFT + 鼠标右键在靠近窗口中央拖动
沿着Z轴旋转选定对象 SHIFT + 鼠标右键窗口边缘拖动
绕X轴旋转选定对象 SHIFT + X +鼠标右键拖动
Rotate selected objects about Y SHIFT + Y +鼠标右键拖动
Rotate selected objects about Z SHIFT + Z +鼠标右键拖动
开始添加原子 空白处单击鼠标
在已有原子上再加原子 在原子上单击
创建化学键 先后单击这两个原子
XY 方向平移原子 单击原子并拖动。
合并两个原子 把一个拖到另一个上
移动已画原子 鼠标拖动它
前后移动已画的原子 ALT + 鼠标左键拖动
改变已画化学键的长度 SHIFT + ALT +鼠标左键拖动
添加原子并停止草画 左键双击
停止草画 ESC
停止草画 单击活动窗口以外地方
改变化学键的数目 单击化学键
在化学键中插入原子 ALT + 单击化学键
替换元素 ALT +单击原子
画原子团片断
功能 按键
建立独立原子团 空白处单击
向原子上添加原子团 单击头上的原子
添加原子团并旋转 在头上原子单击并拖动
结合两个原子团片断 ALT +分别单击两个原子团头上的原子
改变原子团结合点 双击原子团头上的原子
建模时加入杂原子的方法
方法一：用鼠标点上将要被取代得原子（点上后原子颜将变成黄），在窗口的右边属性栏中，将会显示这个原子的相关属性，并告诉你这个原子的元素种类（比方是Al 吧），然后点这个元素种类Al，将出现一个元素周期表，选择你要掺杂得原子，确定就可以了！
方法二：建立完没有掺杂的晶胞后,选supercell,然后再选择要替换的原子,进行掺杂.如果不把晶胞的对称性改为supercell就不能改变其中的一个原子,而是由于对称性把同一元素的所以原子改变了
采用DMOL3建模的基本步骤
第一种情况: 从程序自带的各种晶体及有机模型中导入体系的晶胞打开MS，由file>import>structures>metals\>pure-metals>Fe导入Fe的晶胞。由build >Surfaces > cleave Surfaces打开对话框。在对话框中输入要建立的晶面（hkl），选择 position，其中depth 控制晶面层数。进入鼠标右键不能用build>Supercell，输入A 、B 、C的值，得到想要的超晶胞。到
该步骤，我们已经建立了一个周期性的超晶胞。如果要做周期性计算，则应选择build>Crystals>build vaccum slab，其中真空层通常选择10 埃以上。如果建立团簇模型则选择build>Symmetry>Non-periodicStructure，去掉模型的周期性，并跟据自己的实际需要删除部分原子，得到想要的团簇模型。在表面插入分子时通过菜单栏上的几个小图标添加即可。
第二种情况: 手动建模，优点是可控制晶格常数。首先从文献中查到晶体的晶格常数的实验值。打开build>Crystals>buildcrystals，可见到对话框。在对话框中选择空间与点，然后在Lattice Parameter中设置晶胞基矢的长度及夹角。然后打开build>Add atom，从对话框中输入坐标。这里只需输入几个有代表性的原子的坐标，不必全部输入。在坐标输入前首先在option页面中选择coordinate system，或者分数坐标或者卡迪尔坐标。以下步骤重复2-5步。需要注意的是，采取什么样的团簇并不是任意的。原因是很多模型构造出来后在优化过程中往往不收敛。要避免这个问题的办法是查阅文献，参考文献上模型进行选取，因为它们的模型通常是经过试验证实收敛的。
关于计算参数设置
1. 主要有几个参数需要注意，对于Electronic 页面，需要注意的是Coretreatment,对于过渡金属原子通常需要考虑相对论效应，因此一般不使用AllElectron方法。其他几种方法任选。Basis set 应为DNP，Setup下的Quality一般选fine。为了提高计算速度，一个较好的办法是先用粗糙的Basis set 和Quality进行优化，然后再提高精度。
2. 还有一个非常重要的选项是Electronic>More>SCF里的Use smearing。这个关键字有助于加快收敛，但是设的多大往往会产生错误的结果，它也相当于允许的误差范围。具体设置办法可参考help。
版权声明：本站内容均来自互联网，仅供演示用，请勿用于商业和其他非法用途。如果侵犯了您的权益请与我们联系QQ:729038198，我们将在24小时内删除。
发表评论