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001 云霄飞车杀人事件 (黑衣组织—琴酒 、伏特加出场，工藤新一喝下APTX4869变小。大幕拉开)
002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道其身份，工藤新一化名为江户川柯南）
005 新干线大爆破事件（漫画中柯南首次得知琴酒与伏特加的代号，但这集在动画中被修改了，Gin和伏特加被改成了两个长相相似的人）
013 奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美出场。本集在动画中被修改过，内容与漫画有着很大不同）
043江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
048~049外交官杀人事件(服部平次登场，工藤新一第一次恢复)
054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死)
057~058福尔摩斯迷杀人事件(平次知道身份)
128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑暗组织浮出水面）
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场）
131 竞技场无差别胁迫事件(后篇)(灰原说出了工藤新一与组织在半个世纪前就有了关系) 176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场)
177 与黑暗组织的再会（柯南篇） （宫野志保第一次恢复）
178 与黑暗组织的再会（解决篇） （皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
188 性命交关的复活-洞窟内的侦探团
189 危命的复活_负伤的名侦探
190 危命的复活_第三种选择 （工藤新一第二次恢复）
191 危命的复活_黑衣骑士 192 危命的复活_新一回来了 193 危命的复活_约定的场所
226 格斗游戏的陷阱（上集） （茱蒂出场） 227 格斗游戏的陷阱（下集）
230 谜一样的乘客（上集） （赤井秀一出场，形势复杂） 231 谜一样的乘客（下集）
242元太的灾难（提到GIN是左撇子)
258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布兰克出场） 259 来自芝加哥的男子（下集） 269-270 犯罪的遗物（毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
271-272 急忙掩饰的忽略（灰原被怀疑，形势危急）
277-278 英语教师VS西部名侦探（柯南叫博士调查克里斯·宾亚德）
279-280 迷宫的阴暗（发现克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。）
286-288 工藤新一纽约事件（贝尔摩德扮成杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪）
307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309-311 与黑暗组织的接触（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）
329-330金钱买不到的友情（本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。是阿笠博士的旧识。) 335-336 东京现影所的秘密（灰原被跟踪，山雨欲来）
338-339 四辆保时捷（茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系）
340-241厕所里隐藏的秘密（灰原在厕所中到了妈妈留下的录音留言）
343-344 便利店的陷阱（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑）
345 直面黑组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光。卡尔瓦多斯出场，被赤井打断腿后自杀，第一次对决暂告段落）
346-347 寻P股上的印记（为上一集善后）
361-362 帝丹高中的学校怪谈（真正的新出医生回归）
374 星星和香烟的暗号（前篇）（开头柯南想起沉默的航线中凶手在警局本想要给鸟取县的朋友打电话，但最终没有打，怀疑是否和组织有关）
375 星星和香烟的暗号（后篇）（结尾处柯南听到山村警官给鸟取县的奶奶拨号的按键声很震惊，其实是和贝尔摩德输boss手机号码时的按键声很相似，推测boss在鸟取县）
385-387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（boss的手机号被发现，斗争新动向）
394-396怪屋大冒险（boss的手机号被柯南破解，哀似乎有些了解boss）
400 心存疑惑的小兰（小兰又一次怀疑柯南的身份，但是被柯南迎刃化解）
425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
427-428充满神秘的上学路（本集中和灰原哀长相相像的一个学生突然失踪，引发柯南的一系列猜想，最终只是虚惊一场，最后小兰提到他们学校新来了个转校生，和主持人水无怜奈长得很像）
429-430 无法回到从前的两人（本堂瑛佑出场）
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事诡异，引起柯南注意）
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
484-485 黑照片的去向（前篇）
491 红与黑的碰撞 开始 （最精彩的一个系列，不可不看） 492 红与黑的碰撞 血缘 493 红与黑的碰撞 绝叫 494 红与黑的碰撞 冥土 495 红与黑的碰撞 昏睡 496 红与黑的碰撞 侵入 497 红与黑的碰撞 觉醒 498 红与黑的碰撞 搅乱 499 红与黑的碰撞 伪装 500 红与黑的碰撞 遗言 501 红与黑的碰撞 嫌疑 502 红与黑的碰撞 洁白 503 红与黑的碰撞 决死 504 红与黑的碰撞 殉职 （第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈CIA身份遭到组织怀疑）
507-508卡拉OK包房的死角（本堂瑛佑知道柯南是工藤新一，柯南在得知FBI有人死了之后想：没问题。这也成为赤井秀一没有死的疑似证据之一）
509 红白黄与侦探团（水无怜奈传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查sherry。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
521 杀人犯，工藤新一
522-523 新一的真实身份与兰的眼泪
524-525令人憎恨的蓝火花（顺利破案，柯南和昴配合默契）
542-543灰原哀多少集出现的让鱼儿消失的一角岩（冲矢昴的言语直逼灰原）
547 与犯人共度的两天(第一天)。柯南被挟成人质，不过有惊无险。
558 死亡之馆 赤壁(三顾之礼) 559 死亡之馆 赤壁(掌中之物) 560 死亡之馆 赤壁(孔明之死) 561 死亡之馆 赤壁(空城计) 死亡之馆系类比较经典！
563-564侦探团VS强盗团（疑似赤井秀一的人登场)
578 召唤危机的红预兆（FBI在寻秀一；冲矢昴也出现在米花大厦）
579 黑与13的暗示（疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现，局势再次混乱，赤井之死遭疑） 580 紧迫黑的时限（水无怜奈被gin怀疑没有杀掉赤井秀一，准备杀掉水无，并对赤井秀一进行狙击。但事实上是波本假扮的赤井秀一，从贝尔摩得口中得知boss的命令后，波本与gin两人发生分歧）
581 红的摇摆目标（水无怜奈被gin怀疑没有杀掉赤井秀一，GIN准备让基安蒂对假拌赤井的波本进行狙击但并未成功）
616-621 伦敦篇系列（工藤新一第四次恢复，工藤新一第一次向小兰正面表白）
623紧急事态252（后篇）（冲矢昴行为诡异，证明了他有极强的洞察力，身手也不凡）
646-647幽灵旅馆的推理对决（世良真纯出场）
648-650侦探事务所笼城事件（世良真纯调查柯南，怀疑柯南和工藤新一有某种特殊关系） 651东西名侦探推理对决（最后茱蒂，卡梅隆，詹姆斯出现，詹姆斯明明认识世良真纯，一眼就认出她是个女生，还故意说不认识，很可疑）
656-657 博士的视频网站（世良在第一眼看到博士上传的视频时就发现了博士眼镜片中印出来的灰原哀的影子，并向光彦、元太打听了“博士家的小女孩”（即灰原哀）、邻居（即冲矢昴）的情况，可见她对灰原有很大兴趣。并对着冲矢昴的窗户说：“我还以为是谁随随便便地住进来了呢，不过现在看起来真是杞人忧天了啊……”最后世良将视频中意外拍到的灰原影像在电脑中删除。）
667-668结婚前夜（安室透登场）
671-674侦探们的夜想曲（简单的案件引出了波本，安室透、世良真纯、冲矢昴他们互相见面，感觉很诡异；灰原哀感觉黑在迫近，说明以上人中有一个就是波本；最后贝尔摩多出现正在和波本打电话，以上三人也在打电话，进一步可以确定波本就在安室透、世良真纯、冲矢昴他们三人之间）
675-676差1毫米都不行（里边提到了上集的一些内容，让灰原哀想到了冲矢昴和诸星大{也就是赤井秀一}有某方面的联系，暗示出冲矢昴有可能是赤井秀一假扮的，赤井秀一是没有死的）
681-683赌上性命的恋爱转播（开始少年侦探团在警视厅遇到了安室透，安室透说话比较诡异，进一步介绍了674集案情的发展；而最后的时候高木涉和佐藤美和子去看伊达航的时候，发现有一个牙签，而送牙签的竟然是安室透，而且安室透称伊达航为老朋友，内中有玄机） 684-685泡泡、热气和烟（剧中提到了灰原哀对冲矢昴的认识：就是前几集提到的认为他是赤井秀一扮的；冲矢昴表现出了极强的洞察力，结尾处冲矢昴叫灰原哀为公主，可能是对这个小姨子的昵称，因为赤井和灰原哀的谈过恋爱）
剧场版是M5 和M13
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