Lab 1 MRIcro和SPM2的安装和介绍
实习内容
MRI实验：扫描室参观及被试准备
1.控制室简单介绍
2.被试实验准备
3.扫描ACR水模 (localizer、MP-RAGE)
数据处理：MRIcro和SPM2的安装及介绍
1.数据：ACR phantom image
2.软件：MRIcro (version 1.40), SPM2
3.内容：
1)Matlab简介
2)SPM2安装及主界面介绍
3)MRIcro安装及主界面介绍
4)用MRIcro查看ACR图像
数据介绍
实验数据可以从CD中获得（在Data\Lab1\Data目录下），是由Siemens 3T Trio Scanner扫得的ACR水模的Mosaic格式的原始数据。共有192个文件，文件名依次为：
BNU_TRAINING_MPRAGE_ACR_1.MR.8.158.2007.08.08.15.41.38.125000.7522244.IMA
…
BNU_TRAINING_MPRAGE_ACR_192.MR.8.158.2007.08.08.15.41.38.125000.7522244.IMA
所需软件
本实验需要MRIcro(version 1.40)和SPM2两个软件，下载地址如下：
MRIcro：www.sph.sc.edu/comd/rorden/mrizip.zip
SPM2：www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/software/
Matlab 6.5介绍
1.Matlab界面
在所有实验中，我们将使用Matlab 6.5软件包(The MathWorks, Inc.)。在安装完毕后，双击快捷方式图标打开Matlab。点击Matlab窗口上方的View菜单，勾选Command Window, Command History, Current Directory和Workspace。这时，Matlab将呈现四个子窗口：
z Command Window：位于右下方。即指令窗口，是键入指令的地方，也是Matlab显示计算结果的地方；
img文件如何打开z Command History：位于左下方。即历史命令窗口，存放历史输入命令；
z Current Directory：位于左上方。即当前工作目录，显示当前目录下的文件信息；
z Workspace：位于右上方。即工作空间，存放变量在内存中。
Fig.1就是Matlab的标准工作界面，上述四个子窗口可以自由拖动改变位置：
Fig.1 Matlab 6.5的主界面
这时，Matlab处于准备接受命令的状态，可以在命令窗口（右下方的子窗口）中直接输入命令语句。
2. Matlab基本命令
z设置当前工作路径：
1.在Windows下建立一个新文件夹，如：
D:\work\MPRAGE_ACR\
2.在Matlab的指令窗口中键入：
D:\work\MPRAGE_ACR\
cd
这样，就将Matlab的当前工作路径设置在上述路径下了。
3.在Matlab的指令窗口中键入：“pwd”，然后回车
4.这时，Matlab的指令窗口中显示出当前工作路径信息：
ans =
d:\work\MPRAGE_ACR\
z添加搜索路径：
1.点击Matlab最上方的“File”按钮，在下拉菜单中选择“Set Path”
2.在弹出的路径设置窗口中选择“Add with Subfolders”，浏览并点选目标文件夹
（如Fig.2所示），然后点“确定”
3.点击“Save”按钮
4.检查该路径是否添加到搜索路径列表中
5.点击“Close”按钮
6.完成搜索路径添加
Fig.2 添加搜索路径
z其他常用命令
load 载入变量到内存
clear 清除内存中所有的变量
exit 退出Matlab
helpwin 打开帮助窗口
SPM2介绍和安装
SPM2软件以压缩包形式存放在CD中（在Application\SPM2&Manual下）。将其拷贝到硬盘中，解压缩，得到一个名为“spm2”的文件夹。假设这个文件夹在“D:\temp\spm2”目录下，下面介绍如何安装及打开SPM2。
1.打开Matlab，将SPM所在目录“D:\temp\spm2”加入到Matlab的搜索
路径中（利用“添加搜索路径”所示的方法，将spm2及其所有子文件夹添加到Matlab的搜索路径中）。
2.在启动SPM前，最好先确认SPM默认变量的设置是否正确。SPM的默
认设置存在spm_defaults.m文件中。
3.在Matlab指令窗口中输入“edit spm_defaults”，打开spm_defaults.m文
件。
4.查看defaults.analyze.flip条目。确认defaults.analyze.flip值为1，如不是
1则需要改成1 （如Fig.3所示）。
Fig.3
5.在Matlab指令窗口中输入“spm fmri”，会出现三个窗口。
6.在屏幕左上方的窗口是SPM按钮窗口（如Fig.4所示）。
Fig.4 SPM的按钮窗口
7.在这个窗口的下方，是SPM的输入窗口（或叫交互窗口），如图Fig.5
Fig.5 SPM的交互窗口
8.在屏幕右边的大窗口是SPM的图形窗口 (Fig.6)，它的作用是呈现结果
Fig.6 SPM的图形窗口
版权声明：本站内容均来自互联网，仅供演示用，请勿用于商业和其他非法用途。如果侵犯了您的权益请与我们联系QQ:729038198，我们将在24小时内删除。
发表评论